Đại hội đồng cổ đông: Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyết định cao nhất của Công ty gồm tất cả các cổ đông có quyền biểu quyết, họp ít nhất mỗi năm một lần. ĐHĐCĐ quyết định những vấn đề được Luật pháp và Điều lệ Công ty định. ĐHĐCĐ thông qua các báo cáo tài chính hàng năm của Công ty và ngân sách tài chính cho năm tiếp theo, bầu miễm nhiệm, bãi nhiệm thành viên Hội đồng quản trị, thành viên Ban kiểm soát của công ty …

Hội đồng quản trị: Hội đồng quản trị là cơ quan quản trị của Công ty, có toàn quyền quyết định nhânh danh công ty để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của công ty không thuộc thẩm quyền của đại hội đồng cổ đông. Hội đồng quản trị gồm 05 thành viên, mỗi nhiệm kỳ tối đa của từng thành viên là 05 năm. Chủ tịch Hội đồng quản trị do HĐQT bầu ra.

Ban kiểm soát: Ban kiểm soát là cơ quang có chức năm hoạt động độc lập với Hội đồng quản trị và Ban tổng giám đốc, Ban kiểm soát do ĐHĐCĐ bầu ra và thay mặt ĐHĐCĐ giám sát mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty, báo cáo trực tiếp ĐHĐCĐ, Ban kiểm soát của công ty có 03 thành viên.

Ban giám đốc: Ban giám đốc của Công ty Cổ phần Thuỷ điện Nậm Mu gồm có 03 thành viên, trong đó có giám đốc và  02 phó giám đốc. Giám đốc là người điều hành và chịu trách nhiệm về mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty theo Nghị định của ĐHĐCĐ, quyết định của HĐQT, điều lệ công ty. Giám đốc là người đại diện theo pháp luật của Công ty.